تشخیص و کشت انواع باکتری‌ها، ویروس‌ها، قارچ و مخمر و تعیین نوع و حد مجاز میکروارگانیسم‌های هوازی و بی‌هوازی در مکمل دام طیور و آبزیان، مواد اولیه و فرآورده‌های غذایی از مهمترین فعالیت‌های بخش میکروبیولوژی می‌باشد. آزمایشگاه میکروبیولوژی از چهار بخش محیط سازی، کشت مجهز به هود لامینار، انکوباسیون و استرلیزاسیون تشکیل شده است که با بهره‌گیری از کادر متخصص با بیش از ۱۰۰ نوع محیط کشت اختصاصی و افتراقی امکان کنترل میکروبی را در زمینه‌های مختلف به شرح زیر دارد: